V roce 1478 český král Vladislav II. Jagellonský zrušil v těchto místech židovský hřbitov, přímo jeho středem nechal prorazit ulici, dodnes se po něm jmenuje Vladislavova. Pozemky, na nichž býval židovský hřbitov a několik obytných domů s hospodářskými přístavbami, vykoupili roku 1708 členové katolického řádu nejsvětější Trojice, trinitáři.

Řád byl založen na konci 12. století v době třetí křížové výpravy a za svůj hlavní úkol v době vlastního rozkvětu považoval vykupování křesťanů z rukou pohanských Turků. Nejprve žili příslušníci řádu trinitářů v budovách, které si zde koupili, zřídili si tady prostou kapli, později vybudovali kostel a klášter.

Autorem projektu trojlodního kostela s kopulí a věží byl litoměřický architekt Ottavio Broggio, o stavební dílo se podělili Kryštof Dientzenhofer a Jan Jiří Aichbauer. Chrám byl vysvěcen v červnu v roce 1713.

Dlouho zde však trinitáři nezůstali, neboť už v roce 1783 byl jejich konvent zrušen a předán vojenskému eráru. I když už v následujícím roce byly v kostele na žádost Pražanů obnoveny bohoslužby, konvent se zachránit nepodařilo. V roce 1889 byl zbořen. Na jeho místě stojí rohový moderný kubistický dům U Diamanta (název získal podle majitele ), ktorý je s kostolom vkusně spojen sochou sv. Jana Nepomuckého. Socha je zasazena do slohově shodné edikuly s týmto domom. Na druhej strane kostola smerom k Národní ulici bola postavená farská budova.